GPhys を使ってちょっと凝ったことをすると，格子や座標を陽に扱うことがしばしば必要になるでしょう． この文書では GPhys で格子や座標をどう扱えるか，例で示していきます．
NCEP 再解析の等圧面高度 hgt.2010JanFeb.nc を適当な作業ディレクトリにダウンロードし，そこに cd します．
まず，基礎となる GPhys の構造について説明します． GPhysオブジェクトは下図のように主変数（配列データ）と格子からなります．
ここで，"has x" は x 個持つことを表します．has 1.. は１以上という意味です．
格子の中には，主変数の各次元に対応する座標軸があります． 座標軸は重複のない名前をもち，名前だけで次元を特定できます（名前が重複するようには作れないようになってます）． 各座標軸は，それに沿った格子点の位置を保持する一次元配列を持ちます． 座標にがなじまない次元にも何か名前をつけ，位置もダミーでつけます （0,1,2,3,.. のインデックスなど）．各座標軸は任意個補助変数を持てます．
例えば NetCDF や GRIB ファイルの中のある変数を GPhys::IO.open で「開く」際は， それぞれのファイル形式の自己記述性を活かして，座標までも芋づる式にたどって GPhys オブジェクトを構成します．NetCDF なら通常はすべての情報はファイルからとられるので 座標値もファイル中の変数となります（具体的にはVArrayNetCDFオブジェクトに格納される） *1． GRIB なら例えばヘッダー中の「開始位置」と「増分」より等間隔の１次元配列を生成したうえで保持する(VArrayとして）などとなります．
[＊この段落は進んだ内容なので読み飛ばして構わない]: 格子は，座標軸に加え，任意個の「補助座標」(AssocCoords；一般に多次元)を持つこともできます．これは例えばこんなときに使います．「主変数が極座標格子点上の時系列という３次元配列で，座標軸は方位角θ，中心からの距離r，時刻 t である．r,θに加え，各格子点の直交直線座標 x, y の値も格納したいので，２次元の補助座標として x, y を定義する．」 補助座標は，それ自体が GPhys オブジェクトです．ただし，主変数と座標軸を共有するという縛りがあります．上の例でいえば，主変数が T(r,θ,t) と３次元，補助変数が x(r,θ), y(r,θ) と２次元で，x, y は同一であるといったことです．
以上の各要素は，同じ GPhys オブジェクト内で「取り換え可能」です． ここでは，ファイルから開いた GPhys オブジェクトについて， ファイルの中身を書き換えないで，プログラム上で座標軸を取り替えて使う場合を紹介します．
次の例では，単位を hPa から Pa に変換し，名前を Level から pressure に付け替えたもので，鉛直座標を置き換えます． 比較のためもう一度同じのをオープンして並べて図示します． これ自体は特に意味のない例ですが，このあと例えば鉛直座標の単位が "Pa" であることを前提にした計算をしたいといった場合に役立ちます．
ソースコード replace_ax.rb:
require "numru/ggraph"
include NumRu
iws = (ARGV[0] || 1).to_i
#< sample : replace the vertical axis >
gp = GPhys::IO.open("air.2010JanFeb.nc", "air")
p = gp.axis(2).pos # coordinate variable (equiv to p = gp.coord(2))
ppa = p.convert_units("Pa")
ppa.long_name = "pressure"
gp.axis(2).set_pos(ppa) # replace the 2nd (vertical) axis
gporg = GPhys::IO.open("air.2010JanFeb.nc", "air") # original: for comparison
#< graphic >
DCL.swpset('iwidth',800) # image width
DCL.swpset('iheight',400) # image height
DCL.swpset('ldump',true) if iws==4
DCL.gropn(iws)
DCL.sldiv('y',2,1)
DCL.sgpset('isub', 96) # control character of subscription: '_' --> '`'
DCL.glpset('lmiss',true)
[gporg,gp].each do |g|
GGraph.line g.cut("lon"=>140,"lat"=>40),true,"exchange"=>true
end
DCL.grcls結果：
（クリックでフルサイズ表示）
コード解説：
GPhys#axis メソッドは，引数（整数または文字列）で指定した座標
（Axis オブジェクト）を返します．Axis#pos メソッドは，その
座標の座標値を格納する１次元データ（VArray オブジェクト）を返しま
す．よって，p = gp.axis(2).pos で得られる p
は１次元の VArray オブジェクトです（今の場合，VArrayのサブクラスの VArrayNetCDF
オブジェクトで，データ実体は NetCDF ファイル中にあります）．
これを単位変換し，長い名前(long_name)を付け替えて，
gp.axis(2).set_pos(ppa) により，もとの （Axis
オブジェクトにおいて座標値として与えます．set_pos
は Axis オブジェクト内で置き換えを行うだけなので，もとのファイルには影響は及びません．
ちなみに，そもそも gp = GPhys::IO.open("air.2010JanFeb.nc", "air")
では読み込み専用でファイルを開きますので，間違えて書こうとしても書けません．
もしもファイルを書き込み可能な形で開きたければ，次のようにする必要があります：
file = NetCDF.open("air.2010JanFeb.nc", "a") # "a"モードで書換可
gp = GPhys::IO.open(file, "air")
補助座標は座標変換などで威力を発揮します． GPhysオブジェクトに補助座標を導入するには GPhys#set_assoc_coords メソッドを使います． その例は 補間，座標変換 座標変換の節にあるので，参照してください．
座標や格子も含め GPhys オブジェクトは一から（入力ファイル等を使わず）生成することができます．次はその例です．
ソースコード create_gphys.rb:
require "numru/ggraph"
include NumRu
vx = VArray.new( NArray.float(10).indgen!,
{"long_name"=>"x coord","units"=>"m"}, "x") # 0,1,2,..
vy = VArray.new( NArray.float(6).indgen! + 0.5,
{"long_name"=>"y coord","units"=>"m"}, "y") # 0.5,1.5,..
vyb = VArray.new( NArray.float(7).indgen!,
{"long_name"=>"y boundary","units"=>"m"}, "yb") # 0,1,2,..
xax = Axis.new.set_pos(vx) # normal type axis
yax = Axis.new(true).set_cell(vy,vyb).set_pos_to_center # cell type axis
grid = Grid.new(xax, yax)
z = VArray.new( NArray.float(vx.length, vy.length).indgen!,
{"long_name"=>"test data","units"=>"1"}, "z" )
gphys = GPhys.new(grid,z)
DCL.swpset('ldump',true)
DCL.gropn(4)
GGraph.tone gphys
DCL.grcls結果：
（クリックでフルサイズ表示）
このように作った部品で，ファイルを開いて作ったGPhysの一部を置き換えることもできます (Axis#set_posレベルでも，ある座標軸全体でも，格子全体でも)．
*1ただし，もしも座標変数がファイル中になければダミーが生成されます
