NetCDF ライブラリはエラー処理を柔軟に行なうのに必要な機能を揃えています。 個々のNetCDF 関数は整数のステータス値を返します。もし、返されたステータス値によっエラーが発見されると、その処理方法をどのようにするかは自由です。関連するエラーメッセージを表示することから、エラー表示を無視して続行することも（後者は推奨しかねますが）可能です。簡単な例として、このガイド中の例はエラーステータスを調べ、エラーを処理するために別個の関数を呼び出すようになっています。
返された整数のエラーステータスをエラーメッセージ文字列に変換するために NF_STRERROR 関数が準備されています。
たまに、 low levell I/O エラーがNetCDFライブラリより下層で起こる可能性があります。 例えば、ある書き込みオペレーションにより割り当てられたディスク容量を越えてしまった、既に存在しないデバイスに書き込もうとした場合に、NetCDFライブラリより下層からエラーメッセージが表示されることがあります。しかしながら、結果として書き込みエラーは返されたステータス値に反映されます。